Narodil se 26. 4. 1841 v Praze a předurčen otcovou volbou k převzetí dřevařské firmy nedlouho po dokončených studiích na reálce se vyučil tesařem. Ale během dalšího pobytu v cizině cele propadl psaní a cestování. "Jeho život probíhá mezi osamělým básnickým tvořením a velkými cestami do zahraničí. Zeyer je ve své době snad nejzcestovalejším z českých básníků; poznává nejen skoro všechny kulturně významné kraje v Evropě, zvláště i Rusko, kde několikrát pobývá po delší dobu, ale dostává se i do blízkého Orientu," napsal o něm Karel Krejčí. (Zeyerovým mecenášem byl J. Hlávka.)
Tvrdil, že umění už se vyslovilo ke všemu a o všem již pojednalo. Snad právě proto při vlastním psaní, ať už jako básník, prozaik či dramatik s oblibou aktualizoval náměty literaturou, domácí i cizí (francouzskou, islandskou, italskou, japonskou, čínskou, indickou) již umělecky zpracované. Krejčí v tom spatřoval snahu po proniknutí k nejpůvodnějším prakořenům kultury lidstva, v nichž se pod povrchem specifických rysů, jimiž se národy a kmeny od sebe odlišily, projevují stopy původní jednoty, avšak vytýkal Zeyerovi ahistorické spojování mýtů různého původu a charakteru.
Na jih Čech ho přivedli Herites a Mokrý. Podle některých pramenů patřila Zeyerova vodňanská léta 1887–99 vůbec k nejplodnějším (autobiograficky laděné Troje paměti Víta Choráze o osamělci, který po návratu z Itálie postaví kostelík na jihočeském venkově, zveřejnil v roce 1899 Lumír, časopis, založený roku 1873 Janem Nerudou a Vítězslavem Hájkem).
O umělcově vztahu k Rusku vypovídá román Ondřej Černyšev (1876), rytířskou Francii evokuje Román o věrném přátelství Amise a Amila (1880). Na začátku osmdesátých let vycházejí díla inspirovaná českým kulturním prostředím dobovým i historickým: Vyšehrad (1880), Fantastické povídky (1882), Griselda (1883), podobně jako pozdější román Jan Maria Plojhar (1891).
Když Zeyer 29. 1. 1901 zemřel, jako první básník byl pochován ve vyšehradském Slavíně. Jeho nezměrné literární úsilí dokládají ještě četná další díla, jako jsou Z letopisů lásky I – IV (1889–1892), Obnovené obrazy (1894), Tři legendy o krucifixu (1895), Dům U tonoucí hvězdy (1896), Radúz a Mahulena (1898) atd.